La Maison de la Magie est l'aboutissement d'un long projet destiné à valoriser le patrimoine magique et scientifique légué par Robert-Houdin. Dès les années 1960, Paul Robert-Houdin, petit-fils du magicien, ouvre un musée privé à Blois. La présentation est essentiellement biographique et montre quelques objets personnels légués à la famille. En 1981, cette collection est donnée à la Ville de Blois et enrichie par l'achat d'une pendule mystérieuse et d'un automate. Puis elle est présentée au Château royal de Blois de 1985 à 1991.

De 1986 à 1989, le festival d’arts magiques, créé par Gérard Majax à Blois, rencontre un franc succès public. La Ville décide de soutenir la création d'un musée municipal souhaité par les magiciens. En 1990, la Ville de Blois achète la Maison Massé, grande maison bourgeoise de 1856, située en face du Château royal, ainsi qu'une partie de la collection d’objets de magie de Georges Proust. Grâce au soutien du CNAMI, en particulier de Christian Fechner son président en 1998, ces objets de magie et affiches du XIXe et du XXe siècles sont enfin présentés au public dans le nouveau musée. « Musée de France » depuis 2003, cette structure de la Ville de Blois reçoit le soutien technique et financier de l'État.